تقدم كلية طب الأسنان بجامعة العلوم والتكنولوجيا برنامج الماجستير في علوم طب الأسنان، MDS وهو مصمم للبناء على تجربة درجة البكالوريوس. بدأ البرنامج بالتعاون مع كلية طب الأسنان بجامعة طنطا المصرية في العام 2008 واستمر حتى عام 2012، حيث تخرجت منه دفعتان، (حوالي 30 طالبًا في تخصصات طب الأسنان المختلفة)، ثم استمر البرنامج من قبل كلية طب الأسنان في الجامعة.
المقررات الدراسية التي يتضمنها البرنامج معدة و مطبقة بحسب نظام الجودة المعتمد في الجامعة وفق أنظمة الجودة العالمية. يهدف البرنامج بشكل أساسي إلى تخريج كادر قادرا بما اكتسبه من معرفة و مهارات مختلفة و خبرات نظرية و تطبيقية على تقديم خدمات علاجية و بحثية في المجتمع.